Почему, когда я пишу первым, сообщения приходят, как входящие?

Открытые линии не позволяют писать первыми. Для того чтобы реализовать эту возможность мы пишем первое сообщение как бы от лица клиента и Битрикс24 думает, что это входящее.

Но по этой же причине Битрикс24 отправляет приветственное сообщение, а также на такое сообщение будет срабатывать бот, если подключен.

Как отключать создание таких сообщений при отправке через SMS-провайдера?

Для отключения этой функции зайдите в настройки коннектора: Контакт-центр — [OLChat] WhatsApp — (выберите линию) — Изменить — Общие настройки или OLChat — (нажмите на название коннектора) — Общие настройки и снимите галочку с нужной настройки.

Первая влияет на отправку через SMS-провайдера в карточке, вторая при использовании рассылок через CRM-маркетинг

Как совсем отключить создание таких исходящих сообщений?

Полностью отключить создание таких сообщений может быть полезно, например, если вы планируете подключать чат-бота к открытой линии. Если не отключить, то бот будет каждое такое сообщение считать входящим и будет реагировать на него.

Для отключения этой функции зайдите в настройки коннектора: Контакт-центр — [OLChat] WhatsApp — (выберите линию) — Изменить — Общие настройки или OLChat — (нажмите на название коннектора) — Общие настройки и снимите галочку с настройки «Публиковать в чат исходящие сообщения...»