Если удалить групповой чат в телефоне, история переписки останется в CRM?

Группа останется у вас в чатах Битрикс24, переписка сохранится там же. Вы сможете всегда к ней вернуться и прочитать что было в чате.

У клиентов она останется в WhatsApp. Просто не будет интеграции между ними.